Small terrestrial mammals (Rodentia, Soricomorpha) along a gradient of forest anthropisation (reserves, manages forests, urban parks) in France

Occurrence Spécimen
Dernière version Publié par CBGP (UMR INRAE, Cirad, IRD, Institut Agro | Montpellier) le sept. 20, 2022 CBGP (UMR INRAE, Cirad, IRD, Institut Agro | Montpellier)
Date de publication:
20 septembre 2022
Licence:
CC-BY 4.0

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Description

The dataset contains occurrences of small terrestrial mammals (Rodentia and Soricomorpha) trapped in forested areas in Eastern France (administrative departments: Rhône, Ain, Jura). The sampling sites correspond to different degrees of anthropisation. Forests included in biological reserves are the less anthropized sites, then public forests and urban parks experience higher levels of anthropisation. Data were collected during spring and autumn 2020 (three to four sampling sites), 2021 (six sampling sites) and 2022 (four sampling sites). These variations in the number of sites between years were due to lockdown restrictions in 2020, or to the legal authorization to trap around biological reserves granted in 2021 only. The capture of animals was carried out in various types of forests (pine, deciduous, mixed), and in different habitats within urban parks (wooded areas, buildings, hay storage yards, riverside vegetation, restaurants, playground for kids, botanical garden, landfills…). Captures were realised using live traps that were set on the ground for one to 11 nights. During this study period, 1593 small mammals were trapped and identified. They belong to 15 species, among which there are nine species of rodents (Muridae, Cricetidae, Gliridae) and six species of shrews (Soricidae). They were weighted (gram) and measured (cm): both body length and tail length. Sexual characteristics were also recorded. This dataset aims to better understand the relationship between small terrestrial mammal biodiversity and health in the context of global change, and in particular of forest anthropisation. It is part of the European Biodiversa BioRodDis project (https://www6.inrae.fr/biodiversa-bioroddis). Here we present the data gathered in France. The dataset will enable to describe the diversity of small terrestrial mammal communities in forested areas corresponding to different levels of anthropisation, and to evaluate the variability of this diversity over time, between seasons and between years.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 593 enregistrements.

1 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
1593
MeasurementOrFacts 
17523

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

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Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Charbonnel N, Pradel J, Bouilloud M, Loiseau A, Piry S, Galan M, Artige E, Castel G, Ferrero J, Bordes A, Gallet R, Vieira N, Thuel G (2022): Small terrestrial mammals (Rodentia, Soricomorpha) along a gradient of forest anthropisation (reserves, manages forests, urban parks) in France. v1.5. CBGP (UMR INRA, Cirad, IRD, Montpellier SupAgro). Dataset/Occurrence. https://ipt.gbif.fr/resource?r=small_terrestrial_mammals_along_a_gradient_of_forest_anthropisation_france&v=1.5

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est CBGP (UMR INRAE, Cirad, IRD, Institut Agro | Montpellier). Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 688ff587-af92-4f7b-82b5-3ee565afa025.  CBGP (UMR INRAE, Cirad, IRD, Institut Agro | Montpellier) publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF France.

Mots-clé

Occurrence; Specimen

Contacts

Nathalie Charbonnel
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Senior researcher (DR2, INRAE)
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
  • Av. Agropolis
34988 Montferrier sur Lez
Hérault
FR
  • +4 99 62 33 02
Julien Pradel
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Technician (TR, INRAE)
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
  • Av. Agropolis
34988 Montferrier sur Lez
Hérault
FR
  • +4 99 62 33 02
Marie Bouilloud
  • Créateur
  • PhD IRD
CBGP, MIVEGEC, IRD, CNRS, University of Montpellier, Montpellier
  • +4 99 62 33 02
Anne Loiseau
  • Créateur
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
  • Technician
FR
Sylvain Piry
  • Créateur
  • research engin
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FR
Maxime Galan
  • Créateur
  • research engineer
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FR
Emmanuelle Artige
  • Créateur
  • engineer
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Guillaume Castel
  • Créateur
  • researcher
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Julien Ferrero
  • Créateur
  • master student
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Anaïs Bordes
  • Créateur
  • engineer
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Romain Gallet
  • Créateur
  • researcher
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Nathalie Vieira
  • Créateur
  • technician
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Geoffrey Thuel
  • Créateur
  • technician
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
FR
Julien Pradel
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Technician
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
Montferrier sur Lez
Herault
FR
Nathalie Charbonnel
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Senior researcher
INRAE-CBGP : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement - Centre de Biologie pour la gestion des Populations
Montferrier sur Lez
FR

Couverture géographique

The data were collected in six forested areas in Eastern France, within three administrative departments (Rhône, Ain, Jura).

Enveloppe géographique Sud Ouest [44,84, 2,021], Nord Est [48,633, 7,734]

Couverture taxonomique

Reign Animalia Class Mammalia Order Rodentia Soricomorpha Family Cricetidae Muridae Gliridae Soricidae Genus Apodemus, Crocidura, Glis, Microtus, Mus, Myodes, Neomys, Rattus, Sorex, Species Apodemus flavicollis Apodemus sylvaticus Crocidura russula Crocidura leucodon Glis glis Microtus agrestis Microtus arvalis Microtus subterraneus Mus musculus Myodes glareolus Neomys fodiens Rattus norvegicus Sorex araneus Sorex coronatus Sorex minutus

Species Apodemus flavicollis, Apodemus sylvaticus, Crocidura russula, Crocidura leucodon, Glis glis, Microtus agrestis, Microtus subterraneus, Mus musculus, Myodes glareolus, Neomys fodiens, Rattus norvegicus, Sorex araneus, Sorex coronatus, Sorex minutus

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2020-02-25 / 2022-06-03

Données sur le projet

This dataset was funded through the 2018-2019 BiodivERsA joint call for research proposals, under the BiodivERsA3 ERA-Net COFUND programme, and with the funding organisations ANR (France).

Titre Managing BIOdiversity in forests and urban green spaces : Dilution and amplification effects on RODent microbiomes and rodent-borne DISeases
Identifiant Biodiversa-BioRodDis
Description du domaine détude / de recherche BioRodDis includes occurrence of small terrestrial mammals from forests and urban parks in five countries: Belgium, France, Germany, Ireland and Poland.
Description du design BioRodDis project aims at elucidating the interlinkages between small mammal biodiversity and diseases at local and European scales using standardized assessments of biodiversity and disease risks. In particular, the dilution/amplification effect is assessed by integrating new key research directions, i.e. host microbiome and multiple pathogen diversity levels on one hand, seasonal and multi-annual dynamics on the other hand, including climate change scenarios, and interactions with socioeconomic contexts.

Les personnes impliquées dans le projet:

Charbonnel Nathalie
  • Chercheur Principal

Méthodes déchantillonnage

Small mammals were live trapped. Six to ten lines of 20 live-traps (INRA) with about 3 m interval were set up so that each sampling site consisted of a few km2 area. Traps were baited with sunflower seeds, carrots and sardine. Each trap was geolocated. The traps were checked daily and early in the morning. Trapping session per site lasted at least three nights, except when abundances were too low and new trap lines had to be set up. As trapping rats and mice in urban parks was difficult, traps were set in particular places where animals had been detected, and they were removed after 10 or 11 nights.

Etendue de létude 6 sample sites (2 forest reserves, 2 public forests, 2 urban parks) in Eastern France. Current dataset extends from February 2020 to June 2022
Contrôle qualité All captured animals were determined to species level using morphological criteria in the field, or using molecular methods when necessary (CO1 sequencing for Microtus species and shrews, Hebert et al. 2003, or DNA fingerprinting for Apodemus species, Bugarski-Stanojevic et al. 2012). Animal dissections and measurements were performed according to the protocols described in Herbreteau et al. (2011). Capture data are registered in the CBGP small mammal database (BPM, http://bpm-cbgp.science); associated biological samples (organs, blood, parasites ...) are included in the CBGP reference collection of small mammals doi:10.15454/WWNUPO.

Description des étapes de la méthode:

  1. NA

Données de collection

Nom de la collection CBGP small mammal database (BPM, http://bpm-cbgp.science)
Identifiant de collection doi:10.15454/WWNUPO

Citations bibliographiques

  1. Bugarski-Stanojević V, Blagojević J, Adnadević T, Jovanović V, Vujošević M (2013) Identification of the sibling species Apodemus sylvaticus and Apodemus flavicollis (Rodentia, Muridae)—Comparison of molecular methods. Journal of Comparative Zoology 252: 579-587. 10.1016/j.jcz.2012.11.004
  2. Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, deWaard JR (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 270: 313–321. 10.1098/rspb.2002.2218

Métadonnées additionnelles